ตำบลปากน้ำปราณในอดีตช่วง พ.ศ.2536 เรียกว่า “ปากคลองปราณ” โดยมีชื่อ “วัดปากคลองปราณ” ในปัจจุบันเป็นหลักฐานยืนยัน ที่ตั้งที่ทำการเมืองเดิมติดอยู่ปากแม่น้ำปราณบุรี ครั้นปี พ.ศ.2458 ได้ย้ายที่ว่าการเมืองจากปากแม่น้ำปราณบุรีไปตั้งที่ตำบลเมืองเก่า (ตำบลปราณบุรี) ใกล้สถานีรถไฟปราณบุรี ดังนั้นปากน้ำปราณ จึงเป็นที่ทำการเมืองอยู่ประมาณ 22 ปี ต่อมาการปกครองได้พัฒนามากขึ้นจนได้ยกระดับการปกครองเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลปากน้ำปราณ ซึ่งจากเดิมเป็นสภาตำบลปากน้ำปราณ เป็นหน่วยงานการปกครองส่วนท้องถิ่นตามนโยบายการกระจายอำนาจสู่หน่วยปกครองขั้นพื้นฐานของรัฐบาลตามพระราชบัญญัติสภาตำบลและองค์การบริหารส่วนตำบล พ.ศ.2537 มีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ.2538